Nếu cài đặt xong, hệ thống đã khởi động thì có nghĩa các thành phần chính như mainboard, RAM, CPU, Video xem như đã lắp đúng (tất nhiên có thể có lỗi nhưng dùng lâu mới nhận thấy)
Tiếp sau đó là set chế độ boot trong BIOS. Mặc định hiện nay các BIOS sẽ dò boot sector trong HDD trước. Nếu không thấy nó sẽ dò qua các thiết bị khác (floopy, ODD, USB devices ...)
Nếu HDD mới toanh, cần phải fdisk (phân chia ổ cứng) ra các phân vùng. Lúc này cần 1 CD / DVD boot có các công cụ fdisk để xử lý như Partition Magic (PM), Acronis Disk Suite, Paragon ... Thường thì dùng PM vì nó khá đơn giản, dễ dùng
Tuỳ theo dung lượng HDD và nh cầu mà chia bao nhiêu phân vùng cho phù hợp. Hiện nay thì phân vùng hệ thống (OS, VD như Windows) thường chiếm 20GB. Định dạng phân vùng khuyên dùng NTFS (Vista bắt buộc dùng NTFS) vì có tính bảo mật và an toàn dữ liệu cao hơn FAT
Sau khi phân vùng xong thì tiến hành cài đặt Windows, hoặc không, nếu muốn test RAM thì có thể dùng Memtest for DOS. Việc này là tuỳ chọn. Cho đĩa CD / DVD cài Windows vào, tiến hành cài đặt bình thường
Cài đặt Windows xong, bắt đầu cài đặt driver cho các thiết bị, đi kèm trong CD driver của mainboard. Xong bước này có thể xem như hoàn tất việc cài đặt hệ thống